Program Pendidikan Khas SK Kg Kudong ditubuhkan pada 16 Januari 2012. Murid yang ditempatkan di program ini adalah seramai 5 orang yang berkategorikan lembam. Program ini dikendalikan oleh Pn. Siti Asmira bte Mohd Idris dan dibantu oleh En. A'inuddin bin Mohd Zainal Ariffin selaku Pembantu Pengurusan Murid Pendidikan Khas.
Sebelum seseorang murid boleh menyertai program ini, murid tersebut perlu melengkapkan beberapa prosedur seperti berikut:
1) Mendapatkan borang pengesahan daripada Pejabat Pelajaran Daerah
2) Membuat pemeriksaan doktor
3) Mengembalikan borang pengesahan yang lengkap ke Pejabat Pelajaran Daerah (Unit Pendidikan Khas)
4) Proses penilaian
5) Jika layak, akan diberi penempatan secara percubaan selama sebulan. Jika tidak layak, akan ditemuduga dan dicadangkan untuk ditempatkan di bawah seliaan Jabatan Kebajikan Masyarakat.
Waktu persekolahan bagi murid PPKI SK Kg Kudong bermula dari pukul 7:30 pagi hingga 12:00 tengah hari, setiap hari kecuali Rabu pada jam 1:00 tengah hari.
